Superada en apariencia la crisis, y después de que López de Santana ocupara seis veces la presidencia de México, en 1855 fue derrotado y abandonó el país refugiándose en Cuba. Lo sucedió el General Vicente Guerrero.
A partir de entonces se fueron fijando las bases para el nacimiento de la nueva República soberana de México.
Durante la etapa caracterizada por las Leyes de Reforma impulsadas por la pléyade de patriotas liberales liderados por don Benito Juárez se consolidó la definición y el concepto de la República, aunque en medio del también dolorosísimo acontecimiento que fue la presencia de Maximiliano de Habsburgo al imponernos un pretendido imperio con el apoyo del más rancio conservadurismo mexicano de aquella época, quienes se oponían a las leyes juaristas y apoyaron al austriaco concediéndole categoría de Emperador.
Benito Juárez recorrió el país y también visitó los Estados Unidos, y así obtuvo la simpatía de innumerables patriotas mexicanos y también del gobierno estadounidense, sobre todo del presidente Abraham Lincoln, quien dio todo su apoyo al presidente Juárez ante la invasión francesa que enfrentó, incluso para proteger en Nueva York a su esposa e hijos, además de reconocer a Juárez como el presidente legítimo mexicano y brindar a su gobierno un crédito financiero importante.
Las relaciones diplomáticas tomaron un curso positivo y de respeto desde los gobiernos liberales hasta el gobierno encabezado durante treinta años por el General Porfirio Díaz.
Surgió la revolución mexicana y algunos sectores estadounidenses se pusieron nerviosos e incómodos, y entonces las relaciones bilaterales volvieron a enrarecerse y a complicarse, con el añadido de la participación activa de los embajadores estadounidenses quienes se entrometían demasiado en las instancias y en los asuntos de poder político, económico financiero de nuestro país, con notable acercamiento con la alta burguesía y la aristocracia mexicana.
Y así llegamos a la invasión que Estados Unidos realizó en el Puerto de Veracruz en 1914, que fue defendido valientemente por los cadetes de la Escuela Naval Militar.
Superadas estas difíciles situaciones, la relación bilateral ha tenido luces y sombras notables:
Los principales problemas de entendimiento y de acuerdos positivos y útiles para ambos países tienen qué ver con la migración, las drogas, las armas, el espionaje, los aranceles, las amenazas intervencionistas y el rechazo del Presidente López Obrador con la consecuente crítica al gobierno de EEUU.
Los aspectos positivos más notables se presentaron: durante la Segunda Guerra Mundial entre los presidentes Franklin D. Roosevelt y Manuel Ávila Camacho; el Programa “Bracero” que se basaba en la contratación documentada de trabajadores mexicanos; posteriormente, también fue muy importante la Alianza para El Progreso, promovida por el Presidente John F. Kennedy, y en nuestro país con el aliento del Presidente Adolfo López Mateos.
De hecho, la relación entre López Mateos y Kennedy tuvo logros importantes para México, como lo que representó el retorno a nuestro país de la porción territorial denominada “El Chamizal” de 177 hectáreas, luego de diversas conversaciones y negociaciones entre ambos presidentes que culminaron en 1964 con la entrega simbólica de ese territorio por parte del presidente Lyndon B. Johnson (pues Kennedy ya había fallecido) a México, en la frontera, con la presencia del presidente mexicano López Mateos.
El Presidente Gustavo Díaz Ordaz pronunció un brillante y vibrante discurso en la sede del Congreso de Estados Unidos en el Capitolio donde hizo muy serios cuestionamientos, y tuvo acuerdos y desacuerdos con el presidente Lindon B. Johnson en la Conferencia continental celebrada en Punta del Este, Uruguay.